学校教育方面，《意见》要求确保农村留守儿童不因贫困而失学，支持和指导中小学校加强心理健康教育。
吉林明确，中小学校要对农村留守儿童受教育情况实施全程动态管理，建立农村留守儿童档案和联系卡制度，利用电话、家访、家长会等方式加强与家长、受委托监护人的沟通交流，了解农村留守儿童生活情况和思想动态。
云南提出，到2017年，实现符合寄宿规定的农村留守儿童学生小学80%在校寄宿、初中100%在校寄宿。到2017年，每所义务教育阶段学校至少配备1名专（兼）职心理健康辅导教师；到2020年，全省寄宿制中小学都拥有标准的心理健康辅导室。
尚晓援表示，针对寄宿儿童，学校应改善饭菜营养结构，举行丰富多彩的课外活动，加强课后监护。另外，还应加强对留守儿童的人身保护，减少校园欺凌和儿童虐待事件的发生。建议强化教师报告责任，教师若获知儿童受虐待的情况，必须向有关部门报告。
